Le colloque de l’AFEM est un colloque international francophone qui a pour objectif et ambition de faciliter les échanges d’idées, d’outils, d’approches, d’analyses, de résultats et de théories entre écologues microbiens s’intéressant à différents environnements (très ou peu anthropisés, aquatiques, terrestres, alimentaires) et à différents domaines du vivant (bactéries et/ou archées et/ou micro-eucaryotes, et leurs virus associés) et d’initier ou de renforcer les collaborations. Cet événement a pour ambition de couvrir l’écologie microbienne environnementale depuis la génomique environnementale jusqu’aux applications directes ou en cours de développement.
Les thèmes abordés se veulent très larges et visent à mieux décrire taxonomiquement et fonctionnellement, comprendre les mécanismes, contrôler, valoriser les organismes ou communautés microbiennes qui nous entourent, d’un point de vue fondamental mais également appliqué. L’objectif est de discuter de résultats récents obtenus par différentes approches pluridisciplinaires et complémentaires associant par exemple la mise en culture, les outils «omics» de la génomique environnementale (métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, métabolomique ), la biogéochimie, l’écotoxicologie ou l’écophysiologie. Différents échelles et organismes sont abordées depuis la molécule jusqu’à l’écologie des écosystèmes et des territoires.