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Enseignante-chercheure à Sorbonne Université, spécialisée en écologie microbienne

Son principal intérêt concerne le rôle des perturbations anthropiques et de l’eutrophisation dans le fonctionnement des communautés microbiennes, avec un focus sur les cycles de la matière organiques et de l’azote.  Elle mène des projets visant à comprendre les interactions entre les microorganismes, en ciblant les interactions auto-hétérotrophes au sein de la phycosphère, par une approche intégrée, du gène au fonctionnement des  écosystèmes.

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Je suis spécialisé dans la mycologie marine et m’intéresse aux communautés fongiques présentes dans les environnements marins, qu’ils soient pélagiques ou benthiques, de la surface des océans jusqu’à la biosphère profonde. Mes recherches visent à explorer leur diversité, leur activité, leurs capacités d’adaptation, leurs fonctions écologiques et leurs applications biotechnologiques. Ces communautés fongiques révèlent un potentiel remarquable, notamment dans la production de molécules d’intérêt pharmaceutique (comme des antimicrobiens ou des anticancéreux) et dans la dégradation de polluants tels que les hydrocarbures et les plastiques.

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Mes thématiques de recherches portent sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols fortement anthropisés par les activités industrielles, notamment pollués par des contaminants organiques (hydrocarbures, HAP, pesticides, PFAS…). La sélection, l’adaptation et la résilience des communautés est évaluée par des approches de microbiologie et des outils moléculaires (génomique, transcriptomique, protéomique). Je développe des approches basées sur les traits fonctionnels microbiens et l’utilisation de la technique de DNA-SIP. J’étudie aussi les relations plantes-microorganismes (rhizosphériques et endophytes). Les effets écotoxicologiques des contaminants sont appréhendés, ainsi que les processus de biodégradation par les microorganismes, pour mener à des recherches en bioremédiation et phytoremédiation des écosystèmes anthropisés.

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Mes travaux de recherche s’intègrent dans une problématique générale d’étude du fonctionnement écologique des systèmes pélagiques aquatiques. Je m’intéresse plus particulièrement à la diversité fonctionnelle des eucaryotes unicellulaires notamment par le biais d’approches -omics. Je me focalise en particulier sur certains parasites énigmatiques dans les écosystèmes lacustres.

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J’explore différents aspects de l’écologie microbienne via la metagenomique haut débit, l’écotoxicologie ou encore la biogéochimie. Je fais de la microbiologie pasteurienne et moléculaire des milieux aquatiques principalement dans les domaines de traitement de l’eau et de la gestion d’espaces naturels, avec des approches fondamentales et appliquées.

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Je m’intéresse au rôle des bactéries marines dans les cycles biogéochimiques et en particulier le cycle du carbone. Mes études portent sur deux axes principaux : les bactéries bioluminescentes et leur rôle dans la pompe biologique du carbone et les mécanismes de captation du CO2 par des bactéries extrêmophiles. Je développe au laboratoire des approches d’écologie microbienne, de physiologie et de génétique moléculaire pour répondre à ces questionnements. Je suis la référente scientifique du Comité Nagoya de l’IRD.

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Mes recherches interrogent les origines et les facettes taxonomique et fonctionnelle de la biodiversité microbienne, en mettant en lumière l’influence conjuguée des processus évolutifs, écologiques, biogéographiques et des dynamiques induites par les changements globaux sur la structuration de ces communautés. Je développe des approches “omiques” pour appliquer ce cadre de recherche à l’étude des holobiontes et du résistome dans les écosystèmes côtiers.

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Mes thématiques de recherche portent sur les procédés de biotechnologies environnementales, tels que la méthanisation ou les systèmes bioélectrochimiques, qui permettent de traiter et valoriser des déchets et effluents organiques. Pour décrypter les liens entre conditions opératoires appliquées, activité des communautés microbiennes, et performances du procédé, je m’appuie sur des expériences menées en microcosmes, et des approches isotopiques, métagénomiques et biostatistiques. Je m’intéresse particulièrement à la diversité et au rôle écologique des virus microbiens dans ce type d’écosystèmes.

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J’étudie l’influence relative des facteurs qui contrôlent la structuration des communautés microbiennes de biofilms en milieu marin, facteurs liés aux caractéristiques physico-chimiques de l’environnement (physico-chimie, pollutions, hydrodynamique) et des surfaces (nature chimique, mouillabilité, rugosité, biocides, texturation, surfaces biotiques). J’utilise des approches multi-disciplinaires à différentes échelles de complexité pour mieux comprendre les problématiques liées aux biofilms dans les domaines des microplastiques, des revêtements antifouling, des EMR ou la bioindication.

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Je m’intéresse à la microbiologie de l’environnement et l’écologie microbienne. Mes travaux portent sur les environnements miniers et plus particulièrement sur les sites d’orpaillage en Afrique de l’Ouest et leurs impacts sur l’environnement depuis 2 ans. J’y identifie les microorganismes présents et étudie leurs activités pour de potentielles utilisations en remédiation.

marisol.goni@univ-pau.fr

Mes travaux de recherche portent sur les interactions entre microorganismes et métaux. Avec des approches couplées de génétique, (méta)génomique, méta(transcriptomique) et biogéochimie, je développe des recherches visant à comprendre le rôle de microorganismes dans les transformations de métaux (notamment le mercure) et l’adaptation de communautés à une contamination métallique.

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Je m’intéresse aux liens entre la diversité et les fonctions des communautés microbiennes des trois domaines du vivant (bactéries, archées et eucaryotes microbiens), et leurs rôles (relations trophiques, cycles biogéochimiques) dans le fonctionnement des écosystèmes aquatiques. Mes recherches, interdisciplinaires, intègrent de fait la notion de diversité fonctionnelle, via le métabolisme des microorganismes et l’impact de leur nutrition sur les stocks et flux de matière et d’éléments. Pour cela, j’utilise différentes technologies permettant d’obtenir une vision fine de la composition de ces communautés (ex. OMICs) et de leurs activités métaboliques impliquées dans les cycles biogéochimiques (ex. traceurs isotopiques).

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J’étudie l’impact des intrants chimiques agricoles (pesticides et antibiotiques) sur les microorganismes et les fonctions écologiques qu’ils accomplissent dans les sols. Je m’intéresse aux processus d’adaptation qui conduisent à la mise en place de la biodégradation accélérée des intrants chimiques.

vuilleumier@unistra.fr

Je m’intéresse en particulier à la dégradation bactérienne des composés organohalogénés et des micropolluants dans une perspective de dépollution, et au métabolisme microbien des composés en C1. Les travaux de mon équipe impliquent souches modèles, microcosmes et études in situ, dans une variété d’environnements.

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Enseignant-chercheur en écologie microbienne depuis plus de vingt ans, mes recherches explorent les liens qui existent entre microorganismes, hôtes et environnements dans des contextes stressants, qu’il s’agisse de milieux extrêmes ou contaminés. Je m’intéresse ainsi à des environnements allant des abysses aux mangroves ou encore aux lacs péri-urbains sous forte pression anthropique. 

benoit.paix@mio.osupytheas.fr​

Je m’intéresse à l’étude de l’écologie microbienne et chimique des holobiontes, et plus particulièrement aux interactions entre les organismes aquatiques et leur microbiome. Mes travaux visent à comprendre (i) comment les hôtes sélectionnent et maintiennent des communautés microbiennes spécifiques, (ii) le rôle de ces microbiotes dans leur fonctionnement et leur développement, ainsi que (iii) l’impact des perturbations environnementales sur ces interactions. Pour répondre à ces questions, j’utilise une approche pluridisciplinaire “multi-omique” combinant métabarcoding, (méta-)métabolomique et, plus récemment, métagénomique. J’étudie actuellement le microbiote épiphyte des sargasses holopélagiques, afin de mieux comprendre son implication dans les processus métaboliques liés à la prolifération et la dégradation de ces macroalgues.

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Mes recherches actuelles portent sur la reconstitution de la diversité microbienne passée et de leur environnement. J’étudie la manière dont les écosystèmes marins côtiers ont réagi aux variations environnementales et aux pressions anthropiques au cours du temps, en utilisant des approches paléoécologiques associées à des outils moléculaires, notamment l’ADN environnemental sédimentaire (sedaDNA).

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Mes travaux de recherches s’inscrivent à l’interface entre microbiologie marine, la biogéochimie et la biologie moléculaire. Après une thèse à Nantes consacrée à l’écophysiologie des bactéries marines Diazotrophes Non Cyanobactériennes (DNC) impliquées dans le cycle de l’azote, j’effectue aujourd’hui un postdoctorat au NIOZ (Royal Netherlands Institute for Sea Research) dans le cadre du projet NanoMare. Mes recherches visent à comprendre comment les nanoplastiques affectent les communautés microbiennes marines ainsi qu’à identifier les microorganismes capables d’interagir avec ces particules, afin de mettre en évidence de potentielles voies de dégradation des nanoplastiques dans l’océan.

Je m’intéresse aux liens entre la diversité des communautés microbiennes et leur rôle dans les environnements marins, en étudiant leur variabilité spatiale, leurs interactions, leurs fonctions écologiques et leur adaptation à des conditions environnementales variées. À travers des projets de recherche pluridisciplinaires, j’explore des écosystèmes aussi divers que les grands fonds marins, la symbiose corallienne, et à présent la colonisation biologique de surfaces immergées dans les zones côtières fortement anthropisées, en combinant des approches multiples, intégrant des outils moléculaires comme les « omiques » et la microscopie à fluorescence et confocal.

Mon projet de recherche actuel vise à étudier les communautés procaryotes et eucaryotes des biofilms couvrant plusieurs bassins océaniques des hémisphères nord et sud et d’évaluer le risque de transfert d’espèces allochtones potentiellement invasives et/ou pathogènes d’une région géographique à une autre par le biofouling, en utilisant des immersions in situ et des expérimentations de transplantation croisée de  biofilms marins en mésocosmes, couplées à des approches « omiques ».

Mon travail de recherche porte sur l’étude de l’écologie microbienne des sols, en particulier dans les sols agricoles. L’objectif est de comprendre, avec une approche écotoxicologique, comment les microorganismes interagissent avec les polluants et les dégradent. Ces interactions sont étudiées à différentes échelles : en culture liquide, en microcosme, puis sur le terrain.

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Les biofilms microphytobenthiques marins ou d’eau douce sont mes sujets d’étude de prédilection. Ces jungles microscopiques contiennent une incroyable diversité de microorganismes dont je tente de comprendre les interactions, entre eux ainsi qu’avec leur environnement (variations lumineuses, contaminations organiques et inorganiques). Pour cela j’applique un panel d’analyses, passant par la microscopie et la biologie moléculaire (taxonomie), aux analyses de métabolomiques non ciblée (écologie chimique). Je m’intéresse également au suivi de la santé de ces communautés et de leurs fonctions écosystémiques face à diverses pressions de contamination (métaux, pesticides, etc), ainsi qu’à leur utilisation dans le suivi de la qualité des eaux.

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Mes thématiques de Recherche s’axent autour de l’étude de communautés microbiennes, de leur dynamique et de leur évolution dans différents compartiments. J’oeuvre pour une meilleure connaissance des interactions Hôte-Microbiote dans une approche holistique de compréhension de la santé de l’holobionte et de la réponse microbienne à toute sorte de perturbation (maladies, impacts anthropiques,…). Mon travail actuel, au sein de différents projets de Recherche, s’articule principalement sur l’investigation du microbiote respiratoire de cétacés (grand dauphin, cachalot et rorqual commun) et le régime alimentaire de tortues marines, en Méditerranée (Mer Adriatique et Ionienne).