11^e congres de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne
Carqueiranne, 83
Organisé par 2 laboratoires de l’université de Toulon (MAPIEM et MIO)

Ce congrès a été comme toujours un moment fort de la vie de la communauté des écologues microbiens en France. Les différentes thématiques traitées étaient les suivantes :
– l’écologie fonctionnelle des microorganismes
– leurs rôles dans les interactions biotiques
– les microeucaryotes dans les assemblages microbiens
– l’écotoxicologie microbienne et la bioindication
– l’évolution, la phylogénie et l’adaptation des microorganismes
– l’ingénierie écologique et les bioprocédés
– l’écophysiologie et les métabolismes microbiens
– l’écologie théorique et la modélisation
– l’écologie chimique et la communication

Les pauses, sessions posters et le partage de l’ensemble des repas pendant trois jours ont permis de nombreux échanges informels qui sont souvent générateurs de collaboration et de projets. Nous avons également fêté les 20ans de l’AFEM, en présence d’un de ses premiers présidents, le Pr. Ollivier. Cinq conférenciers invités ont animé les sessions :

Pr. Andrea G. Bravo (ICM-CSIC, Marine biology and oceanography, Barcelone, Espagne)
Elle travaille à l’Institut des Sciences Marines (ICM-CSIC) à Barcelone, où elle a construit un groupe recherche interdisciplinaire autour de la biogéochimie globale du mercure et, surtout, la formation et dégradation du méthylmercure.

Dr. Tom Delmont (CNRS, Génomique métabolique, UMR 8030 U. Evry-CNRS-CEA)
Il est un écologiste microbien, chargé de recherche au CNRS et hébergé par le Genoscope. Il travaille sur des questions d’écologie et d’évolution du plancton océanique (bactéries, virus et eucaryotes), par des approches de génomique environnementale, génomique comparative et phylogénies, notamment sur les données TARA.

Dr. Pierre Galand (CNRS, Laboratoire d’écogéochimie des environnements benthiques, UMR 8222 SU-CNRS, Banyuls-sur-mer)
il est directeur de recherche CNRS à l’Observatoire océanologique de Banyuls. Il a obtenu son doctorat en microbiologie à l’Université d’Helsinki en Finlande, puis a développé son expertise en microbiologie marine en tant que chercheur postdoctoral d’abord à l’Université Laval au Québec, puis au CSIC à Blanes, en Espagne. Il s’intéresse à la compréhension du rôle des micro-organismes dans l’environnement et à l’élucidation du lien entre la diversité des communautés, le fonctionnement des écosystèmes et les changements environnementaux. Dans ce cadre, l’utilisation des omiques permet des approches ciblant à la fois la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés.

Pr. Cécile Gubry-Rangin (University of Aberdeen, Ecosse)
Ses recherches actuelles visent à comprendre l’adaptation écologique, physiologique et évolutive des populations microbiennes. Ces recherches sont menées au niveau écologique, par l’analyse de l’activité et de la stabilité des communautés (résistance/résilience) aux perturbations environnementales telles que les changements de température ou la déforestation dans les plantations de palmiers à huile, et à des échelles évolutives à plus long terme, en déterminant les mécanismes conduisant à 2,5 milliards d’années de diversification (par exemple, le transfert horizontal de gènes, la duplication de gènes, la sélection moléculaire) associés à l’adaptation à l’environnement terrestre. L’intérêt principal de son groupe est de déterminer les mécanismes conduisant à l’adaptation microbienne dans différents écosystèmes. Bien qu’ils aient une grande expertise sur les microbes jouant un rôle fondamental dans l’oxydation de l’ammoniac (une étape clé du cycle global de l’azote), ils s’intéressent maintenant à une grande diversité de communautés microbiennes, qu’elles vivent librement ou qu’elles interagissent avec des eucaryotes. Leurs études portent sur des environnements allant des sols acides boréaux aux rhizosphères de plantes tempérées en passant par les éponges marines tropicales, chacun étant associé à des questions d’adaptation spécifiques.

Dr. Christophe Six (Sorbonnes Université, Station biologique Roscoff, Adaptation et diversité en milieu marin, UMR 7144 SU-CNRS)
Ses recherches visent à mettre en évidence et à caractériser les mécanismes physiologiques mis en place au cours de l’évolution qui permettent aux organismes phytoplanctoniques d’être compétitifs dans une niche écologique donnée et d’en coloniser de nouvelles. Pour cela, il se sers d’approches de physiologie comparée en utilisant des souches phytoplanctoniques isolées en laboratoire.