Historique de l’AFEM

En 2001, le CNRS a mené une enquête sur la situation de la Microbiologie en France. Pour le volet « Écologie » de cette discipline, l’enquête a conclu que les chercheurs et enseignants-chercheurs impliqués dans les domaines scientifiques relevant de l’écologie microbienne étaient reconnus au plan international, produisaient des travaux de qualité publiés dans des revues de haut niveau et participaient à de très nombreux programmes nationaux et internationaux. Cette enquête constatait également que ces atouts restaient mal perçus du fait de la forte dispersion géographique des laboratoires d’écologie microbienne en France. En effet, les membres de notre communauté ne se rencontraient pas, ou peu dans le cadre de rencontres scientifiques non dédiées à la microbiologie environnementale. Résultat : ils s’ignoraient quelque peu entre eux.

Partant de ce constat, Jean-Claude Bertrand (qui a pris part à l’enquête du CNRS de 2001) et ses collègues écologues microbiologistes de Marseille, Lyon, Strasbourg, Dijon, Jouy-en-Josas, Clermont-Ferrand etc…, ont décidé d’organiser un colloque « d’Écologie Microbienne » en mai 2003 au village de vacances de Carry le Rouet. Cet évènement a eu un vif succès puisque la capacité d’accueil maximale de ce village a été atteinte avec 172 participants sélectionnés, de nombreux collègues n’ayant pu y assister. À l’occasion de ce colloque, le Directeur Scientifique Adjoint au Département des Sciences de la Vie du CNRS, Bernard Delay, après avoir souligné l’importance de ce colloque, avait suggéré « la création d’un réseau qui permettrait le renforcement ou la création de collaborations ». C’est dans cette dynamique qu’au cours d’une réunion organisée le 6 novembre 2003, regroupant le comité scientifique du colloque et plusieurs collègues intéressés par ce projet, il a été décidé la création de l’AFEM, association loi 1901 qui a vu le jour le 24 août 2004. En parallèle, le Département « Environnement » du CNRS a été créé, devenu en 2007 « L’Institut Ecologie Environnement (INEE) » du CNRS. L’AFEM a donc contribué à l’essor de l’écologie microbienne sur le plan national.

L’AFEM occupe une niche sur la scène scientifique française qui n’avait encore jamais été explorée avant et qui regroupe une autre communauté que celle fédérée par la Société Française de Microbiologie (SFM). D’excellentes relations ont été établies historiquement avec la SFM. Le responsable de la Section « Ecologie Microbienne » de la SFM est un membre du CA de l’AFEM.

L’objectif central de l’AFEM est de fédérer l’ensemble des écologues microbiens francophones, au-delà des frontières de l’Hexagone. Pour l’atteindre, dans un premier temps, il fut entrepris un recensement des écologues francophones afin d’identifier cette communauté. Une enquête a donc été lancée auprès des équipes de recherche concernées par l’écologie microbienne : une première fiche de renseignements permettait d’identifier les thématiques développées par les équipes et laboratoires de recherche, elle était accompagnée d’une deuxième fiche individuelle précisant l’activité des membres de ces équipes et laboratoires. La participation à cette enquête a été conséquente et a permis de mesurer l’importance de notre communauté et la richesse des thématiques développées.

La deuxième action menée fut de donner la possibilité de se rencontrer et de se connaître. Cet objectif a été atteint par l’organisation biannuelle d’un colloque qui regroupe à chaque manifestation entre 170 et 200 participants. Tous les deux ans, des collègues et leurs équipes se portent volontaires pour l’organisation de ces colloques. Une place privilégiée est accordée aux jeunes chercheurs qui ont ainsi la possibilité de présenter les résultats de leurs travaux par affiches ou lors de séances plénières. Leurs frais d’inscription sont volontairement réduits pour leur permettre d’assister en grand nombre aux colloques. Pour donner tout son sens au mot « francophone », le 5ème colloque a été organisé en novembre 2011 à Hammamet (Tunisie) en collaboration avec l’Association Tunisienne de Biotechnologie.

Afin de maintenir le contact entre les membres de l’AFEM, en alternance avec les colloques, nous avons également décidé d’organiser des Journées Thématiques (JT) focalisées sur une thématique ou une approche précise de l’écologie microbienne.

De plus, à l’organisation des colloques et des journées thématiques, s’ajoute la création d’un site internet qui est en cours de modernisation (information, communication, inscription, organisation des colloques etc…). S’ajoute également l’édition d’ouvrages de référence en « écologie microbienne », 2 ouvrages à ce jour : un traité de microbiologie environnementale en français et en anglais (http://www.springer.com/life+sciences/ecology/book/978-94-017-9117-5) et un ouvrage sur les procaryotes et l’évolution (https://www.springer.com/us/book/9783319997827#aboutBook).

Enfin, le 6ème Colloque de l’AFEM en 2013 en Auvergne (site de Parent, 63) a donné lieu à un bénéfice financier de plus de 40 k€ qui a servi de fond de lancement d’un appel à projet pour le financement des voyages de jeunes chercheurs francophones en vue de leur participation à des congrès internationaux. A ce jour, cet AAP lancé pour la première fois en 2014, très apprécié des jeunes, a déjà permis à une quarantaine de personnes de communiquer leurs recherches dans des évènements scientifiques internationaux. Les fonds financiers de cet AAP se sont enrichis, notamment suite aux JT de Marseille en 2014 et au IXème Colloque à Bussang (Lorraine, Vosges) en 2019. Ces fonds servent également aujourd’hui de fonds d’amorçage à l’organisation des colloques et des JT de l’AFEM.

Par ailleurs, il faut souligner que les manifestations de l’AFEM, depuis sa création, ont été un succès, ce qui est la preuve irréfutable qu’il était opportun de créer cette Association et que notre devoir aujourd’hui est de soutenir et de pérenniser une action qui a permis de rassembler et de faire dialoguer les membres de notre communauté. Nous rendons hommage à tous les membres du Conseil d’Administration et aux organisateurs des colloques et JT qui se sont succédés depuis la création de l’AFEM. Dans un esprit de bénévolat absolu et de désintéressement total, elles/ils se sont fortement investis dans le fonctionnement de l’association, permettant ainsi la promotion et la reconnaissance de notre discipline. Qu’il en soit ainsi dans l’avenir pour l’essor de l’écologie microbienne sur le plan national, mais aussi sur le plan international, puisque l’AFEM a rejoint en 2022 la Fédération des Sociétés Européennes de Microbiologie (FEMS, Federation of European Microbiologial Societies).

Télesphore Sime-Ngando
Membre du Conseil d’Administration et du Bureau et Trésorier de l’AFEM