L’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM) est une association à but non lucratif, fondée en 2004 et régie par la loi de 1901.
L’AFEM vise à rassembler les écologues microbiens de France et des pays francophones travaillant sur les communautés de bactéries, d’archées, de micro-eucaryotes et/ou de virus, avec pour ambition de favoriser les contacts et les partenariats scientifiques et à promouvoir le transfert de connaissances en écologie microbienne. Les sujets abordés se veulent très larges et visent à mieux décrire, comprendre, contrôler, et valoriser les communautés microbiennes de la biosphère, d’un point de vue fondamental mais également appliqué. Une des ambitions fortes de l’AFEM est de promouvoir les jeunes chercheurs via des appels à mobilité et en leur allouant un temps de parole significatif lors des colloques de l’AFEM.