12^ème colloque de l’association francophone d’écologie microbienne (AFEM12), 18 au 21 Novembre 2025, Palais des Congrès de Beaune, Bourgogne Franche-Comté

A l’invitation de l’UMR Agroécologie (https://umr-agroecologie.dijon.hub.inrae.fr/), de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne (AFEM, https://premc.org/afem/) et de la Fondation Evertéa (https://fondationevertea.org/) tous trois co-organisateurs de la 12^ème édition du colloque de l’AFEM, environ 150 chercheurs francophones sont venus partager leurs résultats de recherche en écologie microbienne obtenus dans différents environnements allant des sols à l’océan mais aussi de la fourche à la fourchette et jusqu’au tractus digestif de l’Homme. Les travaux de ses chercheurs sont menés dans une perspective de « One health (santé unique) » visant à évaluer l’impact de l’Humanité sur la santé des écosystèmes et de l’Homme vu sous le prisme de l’écologie microbienne. Leurs résultats ont été partagés dans 5 sessions scientifiques : 1-Ecologie des communautés microbiennes dans les écosystèmes, 2- Interactions microbiote-hôte et microbiote-microbiote, 3- Microbiote, fonction écologique et services écosystémiques, 4- Biotechnologies microbiennes pour la durabilité des écosystèmes et 5- Microbiote, anthropocène et changement climatique. Au total, le programme scientifique du colloque était constitué de 5 conférences invitées (Ed Topp, UMR Agroécologie, Laurent Philippot, UMR Agroécologie, Eve Toulza, UM RIHPE, Théodore Bouchez, UR PROSE et Serena Rasconi, UMR CARRTEL https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/2), 35 conférences orales et de 91 affiches présentées dans deux sessions posters (https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/1).

Ce 12^ème colloque de l’AFEM a aussi été l’occasion d’interaction avec la société au travers de l’organisation d’une session de médiation scientifique (https://afem2025.sciencesconf.org/resource/page/id/10) intitulée ‘microbiote, vigne et vin’ durant laquelle Ludivine Griveau Cheffe de Chai des Hospices de Beaune est venu témoigner de l’importance des microorganismes pour la conduite de la vigne, la production et l’élevage du vin. Cette session a aussi été l’occasion de mettre en avant l’importance des travaux en écologie microbienne ciblant le microbiote des sols de vigne (Lionel Ranjard, UMR Agroécologie), de l’holobionte de la vigne (Sophie Trouvelot, UMR Agroécologie) et du microbiote du vin (Hervé Alexandre, UMR PAM).

L’interaction sciences-société médiée par l’AFEM s’est aussi manifestée par le partage avec les adhérents d’Agronov (https://agronov.com/), pôle d’innovations en Agroécologie, de la journée ‘Sols et biosolutions’ coorganisée par Agronov, l’UMR Agroécologie et l’AFEM (https://agronov.com/19-novembre-2025-journee-technique-sol-biosolutions/). Les microorganismes et l’écologie microbienne ont été vus à cette occasion comme un des acteurs principaux de la transition agroécologique des systèmes de culture.

Comme le veut la tradition des colloques de l’AFEM, cette 12^ème édition a été l’occasion de donner une part belle aux jeunes chercheurs (doctorants et post-doctorants) pour présenter leurs résultats sous forme de communications orales et écrites. Le colloque a aussi été ouvert à 29 étudiants de la Graduate School TRANSBIO ()https://www.ubfc.fr/formation_/ubfc-integrate/transbio-graduate-school/) des masters de l’UBE (M2 B2IPME, https://ufr-svte.ube.fr/master-2-b2ipme), l’IA Dijon (M2 MP2, https://institut-agro-dijon.fr/formations/masters/mp2-microbiology-and-physicochemistry-for-food-and-wine-processes) et de l’UMLP (M2 MAGE, https://formations.univ-fcomte.fr/fr/formations/feuilleter-le-catalogue/master-lmd-XB/master-biologie-sante-M3PNGH7Y/master-biologie-sante-microbiologie-antibioresistance-genomique-et-epidemiologie-mage-M3PNGXJP.html) afin qu’ils puissent découvrir les travaux des chercheurs de l’AFEM.

Ce colloque a aussi été l’occasion de la préparation d’une issue spéciale intitulée ‘Towards a Better Understanding, Managing and Engineering of Environmental Microbiomes in a Changing World’ qui sera publiée dans la revue internationale ‘Frontiers in Microbiomes’ (https://www.frontiersin.org/research-topics/72020/towards-a-better-understanding-managing-and-engineering-of-environmental-microbiomes-in-a-changing-world).

Enfin cette douzième édition colloque a été rendu possible par le soutien de nos partenaires (INRAE, Institut Agro Dijon et Université de Bourgogne Europe), de nos sponsors (HARMI, Conseil Régional de Bourgogne Franche Comté, Graduate School TRANSBIO, Sayens, AgrOnov, BIO-RAD, Macherey-Nagel, Dutscher et Frontiers in Microbiomes) mais aussi par l’implication des comités scientifique et local d’organisation du colloque, le professionnalisme du personnel du Palais des congrès de Beaune et l’enthousiasme des adhérents.es de l’AFEM ! »

Quelques photos:

AFEM 12 Les trois promos de Master !Comités scientifique et local d’organisation

Les vins de l’UBE

11^e congres de l’Association Francophone d’Ecologie Microbienne
Carqueiranne, 83
Organisé par 2 laboratoires de l’université de Toulon (MAPIEM et MIO)

Ce congrès a été comme toujours un moment fort de la vie de la communauté des écologues microbiens en France. Les différentes thématiques traitées étaient les suivantes :
– l’écologie fonctionnelle des microorganismes
– leurs rôles dans les interactions biotiques
– les microeucaryotes dans les assemblages microbiens
– l’écotoxicologie microbienne et la bioindication
– l’évolution, la phylogénie et l’adaptation des microorganismes
– l’ingénierie écologique et les bioprocédés
– l’écophysiologie et les métabolismes microbiens
– l’écologie théorique et la modélisation
– l’écologie chimique et la communication

Les pauses, sessions posters et le partage de l’ensemble des repas pendant trois jours ont permis de nombreux échanges informels qui sont souvent générateurs de collaboration et de projets. Nous avons également fêté les 20ans de l’AFEM, en présence d’un de ses premiers présidents, le Pr. Ollivier. Cinq conférenciers invités ont animé les sessions :

Pr. Andrea G. Bravo (ICM-CSIC, Marine biology and oceanography, Barcelone, Espagne)
Elle travaille à l’Institut des Sciences Marines (ICM-CSIC) à Barcelone, où elle a construit un groupe recherche interdisciplinaire autour de la biogéochimie globale du mercure et, surtout, la formation et dégradation du méthylmercure.

Dr. Tom Delmont (CNRS, Génomique métabolique, UMR 8030 U. Evry-CNRS-CEA)
Il est un écologiste microbien, chargé de recherche au CNRS et hébergé par le Genoscope. Il travaille sur des questions d’écologie et d’évolution du plancton océanique (bactéries, virus et eucaryotes), par des approches de génomique environnementale, génomique comparative et phylogénies, notamment sur les données TARA.

Dr. Pierre Galand (CNRS, Laboratoire d’écogéochimie des environnements benthiques, UMR 8222 SU-CNRS, Banyuls-sur-mer)
il est directeur de recherche CNRS à l’Observatoire océanologique de Banyuls. Il a obtenu son doctorat en microbiologie à l’Université d’Helsinki en Finlande, puis a développé son expertise en microbiologie marine en tant que chercheur postdoctoral d’abord à l’Université Laval au Québec, puis au CSIC à Blanes, en Espagne. Il s’intéresse à la compréhension du rôle des micro-organismes dans l’environnement et à l’élucidation du lien entre la diversité des communautés, le fonctionnement des écosystèmes et les changements environnementaux. Dans ce cadre, l’utilisation des omiques permet des approches ciblant à la fois la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés.

Pr. Cécile Gubry-Rangin (University of Aberdeen, Ecosse)
Ses recherches actuelles visent à comprendre l’adaptation écologique, physiologique et évolutive des populations microbiennes. Ces recherches sont menées au niveau écologique, par l’analyse de l’activité et de la stabilité des communautés (résistance/résilience) aux perturbations environnementales telles que les changements de température ou la déforestation dans les plantations de palmiers à huile, et à des échelles évolutives à plus long terme, en déterminant les mécanismes conduisant à 2,5 milliards d’années de diversification (par exemple, le transfert horizontal de gènes, la duplication de gènes, la sélection moléculaire) associés à l’adaptation à l’environnement terrestre. L’intérêt principal de son groupe est de déterminer les mécanismes conduisant à l’adaptation microbienne dans différents écosystèmes. Bien qu’ils aient une grande expertise sur les microbes jouant un rôle fondamental dans l’oxydation de l’ammoniac (une étape clé du cycle global de l’azote), ils s’intéressent maintenant à une grande diversité de communautés microbiennes, qu’elles vivent librement ou qu’elles interagissent avec des eucaryotes. Leurs études portent sur des environnements allant des sols acides boréaux aux rhizosphères de plantes tempérées en passant par les éponges marines tropicales, chacun étant associé à des questions d’adaptation spécifiques.

Dr. Christophe Six (Sorbonnes Université, Station biologique Roscoff, Adaptation et diversité en milieu marin, UMR 7144 SU-CNRS)
Ses recherches visent à mettre en évidence et à caractériser les mécanismes physiologiques mis en place au cours de l’évolution qui permettent aux organismes phytoplanctoniques d’être compétitifs dans une niche écologique donnée et d’en coloniser de nouvelles. Pour cela, il se sers d’approches de physiologie comparée en utilisant des souches phytoplanctoniques isolées en laboratoire.