Colloque de l’AFEM
Le colloque de l’AFEM est un colloque international francophone qui a pour objectif et ambition de faciliter les échanges d’idées, d’outils, d’approches, d’analyses, de résultats et de théories entre écologues microbiens s’intéressant à différents environnements (très ou peu anthropisés, aquatiques, terrestres, alimentaires) et à différents domaines du vivant (bactéries et/ou archées et/ou micro-eucaryotes, et leurs virus associés) et d’initier ou de renforcer les collaborations. Cet événement a pour ambition de couvrir l’écologie microbienne environnementale depuis la génomique environnementale jusqu’aux applications directes ou en cours de développement.
Les thèmes abordés se veulent très larges et visent à mieux décrire taxonomiquement et fonctionnellement, comprendre les mécanismes, contrôler, valoriser les organismes ou communautés microbiennes qui nous entourent, d’un point de vue fondamental mais également appliqué. L’objectif est de discuter de résultats récents obtenus par différentes approches pluridisciplinaires et complémentaires associant par exemple la mise en culture, les outils «omics» de la génomique environnementale (métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, métabolomique ), la biogéochimie, l’écotoxicologie ou l’écophysiologie. Différents échelles et organismes sont abordées depuis la molécule jusqu’à l’écologie des écosystèmes et des territoires.
Colloques précédents
Xème Colloque de l’AFEM, 2020, Distanciel
IXème Colloque de l’AFEM, 2019, Bussang (Vosges)
Du 5 au 8 novembre 2019, s’est tenu le IXème colloque de l’AFEM à Bussang (88). Ce colloque a réuni 181 participants (de plus de 60 laboratoires différents), dont 36% de doctorants et Post-doctorants. Le programme comportait 5 sessions sur les thèmes : i) des interactions complexes biotiques au concept d’holobionte, ii) cycles biogéochimiques, diversité et rôle des microorganismes dans l’environnement, iii) impact de perturbations environnementales, iv) adaptation, évolution, plasticité génomique et transfert de gènes et v) ingénierie écologique et applications biotechnologiques. Cinq conférenciers invités : Philippe Vandenkoornhuyse, Emmanuelle Gérard, David Gillan, Purification Lopez-Garcia et Claude Murat, sont venus nous exposer leurs travaux. Trente-trois exposés oraux et près d’une centaine de posters ont été présentés lors du colloque. Quatre jeunes chercheurs ont été récompensés par l’AFEM pour leurs travaux et 3 prix ont été également décernés par le GDR-Génomique Environnementale.
https://colloque.inrae.fr/afem2019/
Journées thématiques, 2018, Strasbourg (Bas-Rhin)
Microorganismes et métaux : des génomes à la biorémédiation
VIIIème Colloque de l’AFEM, 2017, Camaret-sur-Mer (Finistère)
Du 17 au 20 novembre 2017, s’est tenu le VIIIème colloque de l’AFEM à Camaret-sur-Mer (29). Ce colloque a réuni 162 participants. Ce VIIIème colloque de l’AFEM avait pour objectif et ambition de faciliter les échanges d’idées, d’outils, d’approches, d’analyses, de résultats et de théories entre microbiologistes s’intéressant à différents microbiomes et à différents domaines du vivant (bactéries et/ou archées et/ou micro-eucaryotes, et leurs virus associés) et d’initier ou de renforcer les collaborations. Les sujets abordés se voulaient très larges et visaient à mieux décrire, comprendre, contrôler, valoriser les communautés microbiennes de la biosphère, d’un point de vue fondamental mais également appliqué. L’objectif était de discuter de résultats récents obtenus par des approches classiques et des nouvelles technologies, notamment les outils « omics » (métagénomique, métatranscriptomique, métaprotéomique, métabolomique mais aussi la culturomique), appliquées à l’échelle de l’atome, de la molécule, du gène, du micro-organisme, des communautés ou de l’écosystème.
Ce colloque était constitué de 5 sessions d’une ½ journée chacune et d’une table ronde.
Session 1 : « Biodiversité, dynamique et évolution des communautés microbiennes »
Session 2 : « Ecologie fonctionnelle »
Session 3 : « Interactions biotiques et abiotiques »
Session 4 : « Ecotoxicologie microbienne »
Session 5 : « Micro-organismes : valorisation et biotechnologies »
Table ronde : Cultiver l’incultivé : un enjeu en écologie microbienne
Chaque session était introduite par un conférencier invité et, comme de coutume, un temps de parole significatif sera donné aux jeunes chercheurs pour valoriser leurs travaux.
VIIème Colloque de l’AFEM, 2015, Anglet (Pyrénées-Atlantiques)
Vème Journées thématiques sur l'écotoxicologie microbienne, 21-23 mai 2014, Banyuls-sur-Mer (Pyrénées-Orientales)
Suite au premier colloque dédié à l’écotoxicologie microbienne (Lyon 2013), ces journées thématiques avaient pour but de rendre plus visible cette thématique. Elles ont permis de rassembler 70 personnes issues de 36 laboratoires. Elles se sont articulées autour de 4 sessions thématiques (Organismes modèles, espèces sentinelles, bioessais, bioindicateurs, biomarqueurs, biocapteurs; Mécanismes adaptatifs, résilience des communautés et des fonctions microbiennes; Bioremédiation, biodégradation, décontamination, biodisponibilité; Influence relative des polluants et des facteurs biotiques et abiotiques) et 3 conférences plénières (J.-F. Ghiglione, S. Pesce et P. Garrigues). Elles ont fait l’objet d’un article de type “Conference Report” (DOI 10.1007/s11356-014-3390-x) et ont permis la création du Réseau Thématique Pluridisciplinaire (RTP INEE-INSU-Irstea EcotoxicoMic; 2015-18; ~130 membres/50 laboratoires), qui est devenu un réseau international en 2018
VIème Colloque de l’AFEM, 2013, Parent (Puy-de-Dôme)
Le VIème Colloque de l’AFEM s’est tenu en Auvergne sur le site de Parent (63) du 22 au 25 octobre 2013. Ce colloque a rassemblé 180 inscrits dont 108 femmes (60%) et 72 Hommes (40%) ; 54 Doctorants (30%) et une dizaine de personnes venant de l’étranger (< 10). Le nombre total d’inscrits était au‐dessus de la capacité maximale du VVF, ce qui fait que certaines personnes ont été hébergés dans un hôtel environnant. En termes de présentation orale, 66 propositions ont été reçues pour 38 possibilités, soit une pression de sélection d’un peu moins d’une sur deux. 16 interventions orales ont été accordées à des doctorant soit 40% du total des communications orales. 54 propositions ont fait l’objet d’affiches (posters).
