patricia.bonin@mio.osupytheas.fr

Je suis Directrice de Recherche au CNRS spécialisée en écologie microbienne et actuellement Présidente de l’Association Française d’écologie Microbienne. Mes travaux s’articulent autour des cycles biogéochimiques du C et N et des émissions de gaz à effet de serre, notamment le méthane. Je porte un intérêt au cycle de l’azote et au couplage entre les cycles biogéochimiques du Fer et Manganèse aux interfaces aérobies-anaérobies. Mes projets visent à comprendre les interactions entre les microorganismes développant une approche intégrée depuis le gène, la physiologie de microorganismes modèles jusqu’à une approche écosystémique.

briand@univ-toulon.fr

J’étudie l’influence relative des facteurs qui contrôlent la structuration des communautés microbiennes de biofilms en milieu marin, facteurs liés aux caractéristiques physico-chimiques de l’environnement (physico-chimie, pollutions, hydrodynamique) et des surfaces (nature chimique, mouillabilité, rugosité, biocides, texturation, surfaces biotiques). J’utilise des approches multi-disciplinaires à différentes échelles de complexité pour mieux comprendre les problématiques liées aux biofilms dans les domaines des microplastiques, des revêtements antifouling, des EMR ou la bioindication.

Odile.bruneel@ird.fr

Je m’intéresse à la microbiologie de l’environnement et l’écologie microbienne. Mes travaux portent sur les environnements miniers et plus particulièrement sur les sites d’orpaillage en Afrique de l’Ouest et leurs impacts sur l’environnement depuis 2 ans. J’y identifie les microorganismes présents et étudie leurs activités pour de potentielles utilisations en remédiation.

gaetan.burgaud@univ-brest.fr

Je m’intéresse spécifiquement à la mycologie marine. Je tente de répondre à diverses questions portant sur la diversité, l’activité, l’adaptation, les fonctions écologiques, et les applications biotechnologiques des communautés fongiques marines ; à titre d’exemples leurs capacités à produire des molécules d’intérêt pharmaceutiques (e.g. antimicrobiens, anticancéreux) et à dégrader des polluants comme les hydrocarbures et les plastiques.

laurie.casalot@univ-amu.fr

Je m’intéresse au rôle des bactéries marines dans les cycles biogéochimiques et en particulier le cycle du carbone. Mes études portent sur deux axes principaux : les bactéries bioluminescentes et leur rôle dans la pompe biologique du carbone et les mécanismes de captation du CO2 par des bactéries extrêmophiles. Je développe au laboratoire des approches de physiologie et de génétique moléculaire pour répondre à ces questionnements.

aurelie.cebron@univ-lorraine.fr

Mes thématiques de recherches portent sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols fortement anthropisés par les activités industrielles, notamment contaminés en HAP. La sélection, l’adaptation et la résilience des communautés est évaluée par des approches de microbiologie et des outils moléculaires. Je développe des approches basées sur les traits fonctionnels microbiens l’utilisation de la technique DNA-SIP. J’étudie aussi les relations plantes-microorganismes (rhizosphériques et endophytes).

remy.guyoneaud@univ-pau.fr

Je suis Professeur des Universités en section 67 du CNU et actuellement vice-Président de l’Association Française d’Ecologie Microbienne. Mes recherches visent à mieux comprendre le rôle des micro-organismes dans la biotransformation des métaux, organométaux et métalloïdes. Dans ce cadre je m’intéresse, par exemple, à la dynamique du mercure dans les écosystèmes ou aux procédés de décontamination de sites et effluents pollués par du chrome. Je m’implique également, sur une thématique liée à la l’économie circulaire, la méthanisation et la biodégradation de plastiques ou polluants émergents. Enfin, récemment je m’intéresse aux microorganismes impliqués dans le biocontrôle des plantes d’intérêt agronomique. Tous ces sujets visent à comprendre les interactions entre les microorganismes, depuis les gènes jusqu’à l’écosystème. L’ensemble de ces axes de recherche sont liés à une activité de développement méthodologique pour la mise en culture, l’isolement éventuel, la caractérisation, et au final la connaissance des micro-organismes.

mylene.hugoni@univ-lyon1.fr

Mes thématiques de recherche sont focalisées sur l’exploration de la diversité microbienne, avec une emphase sur l’étude des Archaea présentes dans les milieux extrêmes. En utilisant des méthodes de séquençage haut-débit couplées à des approches d’écologie classiques, j’explore le potentiel génétique et métabolique des Archaea, membres de la biosphère rare participant néanmoins au fonctionnement des écosystèmes.

julie.leloup.1@sorbonne-universite.fr

Je suis Maître de conférences à Sorbonne Université depuis 2009, et membre du CA de l’AFEM depuis 2014. Mes travaux de recherche s’orientent vers la compréhension de interactions entre les microorganismes, et les paramètres biotiques et abiotiques, au sein d’un écosystème. Plus précisément, je mets en place des approches « omiques » originales allant de la culture bactérienne à la métatranscriptomique afin de déterminer comment évoluent les composantes (diversité-abondance et fonctions) des communautés microbiennes à la fois dans les milieux terrestres et aquatiques, impliquées dans les principaux cycles biogéochimiques : Soufre, Carbone (plus précisément la matière organique), Azote et dernièrement Calcium.

fabrice.martin@inrae.fr

J’étudie l’impact des intrants chimiques agricoles (pesticides et antibiotiques) sur les microorganismes et les fonctions écologiques qu’ils accomplissent dans les sols. Je m’intéresse aux processus d’adaptation qui conduisent à la mise en place de la biodégradation accélérée des intrants chimiques.

stephane.pesce@inrae.fr

Chercheur en écotoxicologie microbienne aquatique, j’étudie depuis près de quinze ans l’impact des contaminants chimiques (pesticides, substances pharmaceutiques, éléments traces métalliques, etc.) sur la diversité des communautés microbiennes aquatiques et les fonctions écologiques qu’elles assurent, afin de contribuer à l’amélioration de l’évaluation du risque environnemental de ces substances et au diagnostic de leurs effets sur les écosystèmes.

claire.prigent-combaret@univ-lyon1.fr

J’étudie le fonctionnement des coopérations entre les plantes et des bactéries phytobénéfiques colonisant leurs racines. Je cherche à identifier les réponses adaptatives de chacun des partenaires l’un à l’autre et à caractériser l’interactome complexe impliqué. Je développe des approches de génomique évolutive, écologie chimique, et écologie fonctionnelle, en me plaçant à différentes échelles (du niveau cellulaire aux agro-écosystèmes). Je coordonne actuellement des travaux d’évolution expérimentale afin de décrypter les dynamiques évolutives d’assemblages bactériens au sein de la rhizosphère et des recherches appliquées dans le domaine du Biocontrôle et de la Biostimulation.

celine.amsaleg@univ-rennes1.fr

J’explore différents aspects de l’écologie microbienne via le fonctionnement des sols, l’écotoxicologie ou encore la biogéochimie. Je fais de la microbiologie pasteurienne et moléculaire des milieux aquatiques principalement dans les domaines de traitement de l’eau et de la gestion d’espaces naturels, avec des approches fondamentales et appliquées.

telesphore.sime-ngando@uca.fr
telesphore.sime-ngando@ird.fr

Mes recherches sont centrées autour de questions fondamentales concernant deux parasites modèles, les virus et les chytrides parasites du phytoplancton: qui sont-ils (diversité biologique), combien sont-ils (importance quantitative, écologie numérique), comment interagissent-ils avec eux-mêmes (autoécologie), entre eux et avec les composantes biotiques et abiotiques de leur environnement (écologie fonctionnelle) et quel rôle jouent-ils dans le fonctionnement global de l’écosystème (transfert de matière et d’énergie, écologie trophique) et les cycles biogéochimiques associés (eutrophisation, efflorescences planctoniques, qualité de l’eau…) ? Ces recherches sont pour la plupart exploratoires et visent à produire de nouvelles connaissances sur le rôle des parasites au sein des réseaux trophiques microbiens. L’objectif final est d’établir des modèles prenant en compte les parasites, afin de proposer de nouveaux concepts en écologie fonctionnelle de la boucle microbienne et des réseaux trophiques microbiens. Ces recherches présentent également des retombées en matière de recherche appliquée, notamment dans les domaines de la maîtrise des cultures en masse de microorganismes d’intérêt économique (aquacultures, cosmétique, énergie durable…) et de la gestion des écosystèmes et des services associés.

Laurent.toffin@ifremer.fr

Je travaille à l’Ifremer depuis 2006 en qualité de chercheur en écologie microbienne des milieux extrêmes. Mes travaux récents portent sur l’identification des acteurs microbiens associés au cycle du méthane et aux groupes d’Archaea incultivés dans les sédiments marins profonds.

vuilleumier@unistra.fr

Je m’intéresse en particulier à la dégradation bactérienne des composés organohalogénés dans une perspective de dépollution, et au métabolisme microbien des composés en C1. Les travaux de mon équipe impliquent souches modèles, microcosmes et études in situ, dans une variété d’environnements (sols, sédiments, eaux de nappe, environnement marin, phyllosphère, nuages).