Laura Cantini est chercheuse titulaire au CNRS, titulaire d’une chaire à l’Institut de Paris pour l’IA (PRAIRIE) et responsable de l’équipe junior G5, à la tête du groupe « Machine Learning for Integrative Genomics ». Mathématicienne de formation, Laura travaille à l’interface entre l’apprentissage automatique/l’IA et la génomique. Grâce à l’avènement des technologies de haut débit sur cellule unique, il est désormais possible d’accéder à de multiples mesures quantitatives à grande échelle, également appelées « omiques », pour une même cellule. Le laboratoire de Laura se concentre sur le développement de méthodes d’apprentissage automatique et d’IA capables de co-analyser les nombreuses données omiques disponibles au niveau de la cellule unique et de les traduire en connaissances biologiques exploitables. Les travaux de Laura Cantini ont été récompensés par de nombreuses bourses et distinctions, notamment la bourse ERC StG, le prix Sanofi iTech et la médaille de bronze du CNRS.

Titre de la conférence : Multi-modal learning for single-cell multi-omics integration

Sarah Cohen-Boulakia est professeure titulaire en informatique à l’Université Paris-Saclay et membre senior de l’Institut universitaire de France (IUF). Ses recherches se situent à la croisée de la science des données et de la bio-informatique, et portent principalement sur les flux de travail scientifiques, la traçabilité et la reproductibilité des expériences computationnelles. Elle travaille depuis plus de vingt ans dans le cadre de collaborations multidisciplinaires avec des biologistes et des cliniciens, et participe activement à des initiatives visant à promouvoir la transparence dans la recherche, notamment en tant que cofondatrice du Réseau français pour la recherche reproductible. Elle a reçu la Médaille d’argent du CNRS en 2024.

Titre de la conférence : Reproducibility by Design in Bioinformatics: Research challenges and opportunities

Christophe Dessimoz est directeur exécutif du SIB (Institut Suisse de Bioinformatique) et professeur associé à l’Université de Lausanne. Au-delà de ses travaux de recherche en génomique comparative, il milite en faveur de la reconnaissance, de la pérennité et de la gouvernance stratégique des ressources de données biologiques. Ses travaux récents, axés sur les politiques publiques, mettent l’accent sur le rôle des bases de données et des bases de connaissances validées pour garantir la conformité des données aux principes FAIR et mettre en place une infrastructure des sciences de la vie adaptée à l’intelligence artificielle.

Credits : Nicolas Righetti/Lundi13

Titre de la conférence : Open biological databases as strategic infrastructure: from research to competitiveness and sovereignty

Daniel Jost est directeur de recherche au CNRS et responsable de groupe au Laboratoire de biologie et de modélisation de la cellule de l’ENS de Lyon. Son groupe (Biologie Physique de la Chromatine) aborde des questions fondamentales sur la dynamique spatio-temporelle des chromosomes eucaryotes à l’aide de la modélisation biophysique et computationnelle, en étroite collaboration avec des expérimentateurs. Son objectif est de caractériser les principes fondamentaux universels qui régissent le repliement et la régulation de la chromatine, tout en adaptant ses approches à des problèmes spécifiques de la génomique 3D.

Titre de la conférence : Deciphering the structure-function relationship of chromatin: from experiments to modeling and back

Hugues Roest Crollius a obtenu un doctorat à l’UCL de Londres, après avoir étudié à l’ICRF et à l’Institut Max-Planck de génétique moléculaire de Berlin. Il a ensuite rejoint Jean Weissenbach au Genoscope pour analyser le génome du poisson-globe Tetraodon nigroviridis. Il a créé son équipe à l’Institut de biologie de l’ENS à Paris en 2004 afin d’étudier l’évolution des génomes à l’aide d’approches bioinformatiques. Il codirige également aujourd’hui le projet ATLASea PEPR, qui vise à séquencer des milliers de génomes marins.

Titre de la conférence : The evolution of 568 vertebrate genomes during 400 million years

Judith Zaugg est professeure de médecine moléculaire à l’Université de Bâle, où elle dirige le groupe d’hématologie-immunologie moléculaire et computationnelle au Département de biomédecine. Elle s’est formée en biologie chimique à l’ETH Zurich, a obtenu son doctorat en biologie computationnelle à l’EMBL-EBI et à l’Université de Cambridge, puis a effectué un stage postdoctoral à l’Université Stanford avant de créer son groupe de recherche à l’EMBL en 2014. Ses recherches intègrent la génomique unicellulaire et spatiale avec la modélisation computationnelle afin de mettre en évidence les mécanismes de régulation génique sous-jacents aux interactions cellulaires et aux processus pathologiques, en particulier dans les troubles hématologiques et immunitaires.

Titre de la conférence : Understanding disease mechanisms through the lens of gene regulation at single-cell and spatial resolution