PRESENTATION DES MEMBRES DU CA

En association de loi de 1901, l’AFEM s’organise entre un bureau et un conseil d’administration.
Le conseil d’administration est composé de :
-X membres élus qui s’impliquent tout au long de l’année sur les différents projets.
-Les administrateurs bénévoles sont élus pour une durée de 3 ans et se réunissent 6 fois par an afin d’avoir un suivi régulier des projets en cours et de tisser les stratégies de développement.

Patricia BONIN, Présidente AFEM depuis 2020

Patricia BONIN, Présidente AFEM depuis 2020

Ecologie microbienne, MIO-UMR 235, CNRS

patricia.bonin@mio.osupytheas.fr

Je suis Directrice de Recherche au CNRS spécialisée en écologie microbienne et actuellement Présidente de l’Association Française d’écologie Microbienne. Mes travaux s’articulent autour des cycles biogéochimiques du C et N et des émissions de gaz à effet de serre, notamment le méthane. Je porte un intérêt au cycle de l’azote et au couplage entre les cycles biogéochimiques du Fer et Manganèse aux interfaces aérobies-anaérobies. Mes projets visent à comprendre les interactions entre les microorganismes développant une approche intégrée depuis le gène, la physiologie de microorganismes modèles jusqu’à une approche écosystémique.

Jean-François BRIAND, Maître de conférences - HDR

Jean-François BRIAND, Maître de conférences - HDR

Laboratoire MAPIEM, Université de Toulon

briand@univ-toulon.fr

J’étudie l’influence relative des facteurs qui contrôlent la structuration des communautés microbiennes de biofilms en milieu marin, facteurs liés aux caractéristiques physico-chimiques de l’environnement (physico-chimie, pollutions, hydrodynamique) et des surfaces (nature chimique, mouillabilité, rugosité, biocides, texturation, surfaces biotiques). J’utilise des approches multi-disciplinaires à différentes échelles de complexité pour mieux comprendre les problématiques liées aux biofilms dans les domaines des microplastiques, des revêtements antifouling, des EMR ou la bioindication.

Odile BRUNEEL, Directrice de recherche IRD

Odile BRUNEEL, Directrice de recherche IRD

Laboratoire HydroSciencesMontpellier (HSM) ; UMR5151, Univ Montpellier, CNRS, IRD; Université de Montpellier, CC0057 (MSE)

Odile.bruneel@ird.fr

Je m’intéresse à la microbiologie de l’environnement et l’écologie microbienne. Mes travaux portent sur les environnements miniers et plus particulièrement sur les sites d’orpaillage en Afrique de l’Ouest et leurs impacts sur l’environnement depuis 2 ans. J’y identifie les microorganismes présents et étudie leurs activités pour de potentielles utilisations en remédiation.

Gaëtan BURGAUD, Maître de conférences

Gaëtan BURGAUD, Maître de conférences

Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne - UR 3882 - USC INRAE 1504, site de Plouzané

gaetan.burgaud@univ-brest.fr

Je m’intéresse spécifiquement à la mycologie marine. Je tente de répondre à diverses questions portant sur la diversité, l’activité, l’adaptation, les fonctions écologiques, et les applications biotechnologiques des communautés fongiques marines ; à titre d’exemples leurs capacités à produire des molécules d’intérêt pharmaceutiques (e.g. antimicrobiens, anticancéreux) et à dégrader des polluants comme les hydrocarbures et les plastiques.

Laurie CASALOT, Chargée de Recherches IRD

Laurie CASALOT, Chargée de Recherches IRD

Microbiologiste, MIO-UMR 235, Marseille

laurie.casalot@univ-amu.fr

Je m’intéresse au rôle des bactéries marines dans les cycles biogéochimiques et en particulier le cycle du carbone. Mes études portent sur deux axes principaux : les bactéries bioluminescentes et leur rôle dans la pompe biologique du carbone et les mécanismes de captation du CO2 par des bactéries extrêmophiles. Je développe au laboratoire des approches de physiologie et de génétique moléculaire pour répondre à ces questionnements.

Aurélie CEBRON, directrice de Recherche CNRS

Aurélie CEBRON, directrice de Recherche CNRS

LIEC UMR7360, CNRS-Université de Lorraine

aurelie.cebron@univ-lorraine.fr

Mes thématiques de recherches portent sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols fortement anthropisés par les activités industrielles, notamment contaminés en HAP. La sélection, l’adaptation et la résilience des communautés est évaluée par des approches de microbiologie et des outils moléculaires. Je développe des approches basées sur les traits fonctionnels microbiens l’utilisation de la technique DNA-SIP. J’étudie aussi les relations plantes-microorganismes (rhizosphériques et endophytes).

Mylène HUGONI, Maîtresse de Conférence et Membre Junior de l’Institut Universitaire de France

Mylène HUGONI, Maîtresse de Conférence et Membre Junior de l’Institut Universitaire de France

Laboratoire MAP UMR CNRS 5240, Université Claude Bernard Lyon 1

mylene.hugoni@univ-lyon1.fr

Mes thématiques de recherche sont focalisées sur l’exploration de la diversité microbienne, avec une emphase sur l’étude des Archaea présentes dans les milieux extrêmes. En utilisant des méthodes de séquençage haut-débit couplées à des approches d’écologie classiques, j’explore le potentiel génétique et métabolique des Archaea, membres de la biosphère rare participant néanmoins au fonctionnement des écosystèmes.

Fabrice MARTIN-LAURENT, Directeur de Recherche INRAE

Fabrice MARTIN-LAURENT, Directeur de Recherche INRAE

UMR Agroécologie, Dijon

fabrice.martin@inrae.fr

J’étudie l’impact des intrants chimiques agricoles (pesticides et antibiotiques) sur les microorganismes et les fonctions écologiques qu’ils accomplissent dans les sols. Je m’intéresse aux processus d’adaptation qui conduisent à la mise en place de la biodégradation accélérée des intrants chimiques.

Stéphane PESCE, Directeur de recherche INRAE

Stéphane PESCE, Directeur de recherche INRAE

INRAE UR RiverLy, Villeurbanne

stephane.pesce@inrae.fr

Chercheur en écotoxicologie microbienne aquatique, j’étudie depuis près de quinze ans l’impact des contaminants chimiques (pesticides, substances pharmaceutiques, éléments traces métalliques, etc.) sur la diversité des communautés microbiennes aquatiques et les fonctions écologiques qu’elles assurent, afin de contribuer à l’amélioration de l’évaluation du risque environnemental de ces substances et au diagnostic de leurs effets sur les écosystèmes.

Céline ROOSE-AMSALEG, Ingénieure de recherche CNRS

Céline ROOSE-AMSALEG, Ingénieure de recherche CNRS

Laboratoire ECOBIO, UMR 6553, Université de Rennes 1

celine.amsaleg@univ-rennes1.fr

J’explore différents aspects de l’écologie microbienne via le fonctionnement des sols, l’écotoxicologie ou encore la biogéochimie. Je fais de la microbiologie pasteurienne et moléculaire des milieux aquatiques principalement dans les domaines de traitement de l’eau et de la gestion d’espaces naturels, avec des approches fondamentales et appliquées.

Laurent TOFFIN, chercheur Ifremer

Laurent TOFFIN, chercheur Ifremer

UMR CNRS BEEP 6197 Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E) Ifremer, Centre de Bretagne

Laurent.toffin@ifremer.fr

Je travaille à l’Ifremer depuis 2006 en qualité de chercheur en écologie microbienne des milieux extrêmes. Mes travaux récents portent sur l’identification des acteurs microbiens associés au cycle du méthane et aux groupes d’Archaea incultivés dans les sédiments marins profonds.

Stéphane VUILLEUMIER, Professeur des Universités

Stéphane VUILLEUMIER, Professeur des Universités

Equipe Adaptations et Interactions Microbiennes dans l’Environnement GMGM UMR CNRS 7156, Université de Strasbourg

vuilleumier@unistra.fr

Je m’intéresse en particulier à la dégradation bactérienne des composés organohalogénés dans une perspective de dépollution, et au métabolisme microbien des composés en C1. Les travaux de mon équipe impliquent souches modèles, microcosmes et études in situ, dans une variété d’environnements (sols, sédiments, eaux de nappe, environnement marin, phyllosphère, nuages).